En el siglo IV, tras la división administrativa iniciada con la tetrarquía del emperador Diocleciano (284-305) y posteriormente consolidada por el emperador Teodosio I (379-395), el imperio romano se dividió en lo que hoy conocemos como imperio romano de Occidente, gobernado por Honorio (hijo menor de Teodosio), y el imperio romano de Oriente, también conocido como Imperio Bizantino, gobernado por su hijo mayor, Arcadio.

En Occidente, el primer aviso a la dominación Romana, se produjo en el año 410, cuando las tropas del visigodo Alarico saquearon Roma causando una conmoción general en todo el Imperio. Pero fue en el año 476 en Ravena, por entonces capital del imperio, cuando la ilustre historia del Imperio romano de Occidente vivió su último capítulo. El general bárbaro Odoacro se hizo con el gobierno de Italia tras destituir y desterrar a Rómulo Augusto, el último emperador romano. Estos sucesos marcaron el tránsito del imperio romano a la Edad Media.

La caída del Imperio romano de Occidente y la época de las invasiones bárbaras abrió en Europa un periodo de gran inestabilidad política y decadencia cultural. En esta «época oscura»,  los pueblos germánicos fusionaron su arte y cultura con la cultura clásica greco-romana adoptada por el cristianismo, lo que dio lugar a unas  nuevas instituciones denominadas escuelas catedralicias, como la de Monte Cassino, donde San Benito de Nursia (480 – 547) funda la Medicina Monástica. Este monasterio tenía por regla obligatoria: «La Regula Benedicti» «Ora y trabaja en la asistencia de enfermos antes de todo y sobre todo«.

La medicina estaba dominada por la religión y todavía se atribuían causas divinas a las enfermedades, así que la única manera de curar a alguien era orar por su perdón en los santuarios de curación. Los monjes de todos los monasterios usaban la terapia teúrgica; milagros de santos, reliquias, oraciones, psicoterapias religiosas, imposición de manos y exorcismo. Pero con el tiempo, comenzaron a tener necesidad de adquirir una preparación y conocimientos médicos para, de esa forma, aliviar sus dolores, medicarlos y curar sus enfermedades internas. En las escuelas se aprende el manejo de la fisioterapia y de las hierbas “mágicas”, en cuyo conocimiento  se hacen expertos. Muchas de ellas son cultivadas en el propio monasterio.

Al inicio del siglo VIII, la asistencia médica se mantenía en el interior del monasterio. Posteriormente, y con la llegada del Imperio Carolingio y en un intento de recuperación en los ámbitos religioso y cultural de la época medieval, el monje – enfermero – médico, sale a curar enfermos entre la población y en el campo. Entre los muchos méritos de aquellos monjes-médicos cristianos, está el haber guardado, conservado, copiado y traducido antiguos  códices, textos y escritos de medicina en sus celdas y en las bibliotecas. Copiaban sobre pergamino con paciencia y pericia los textos de Galeno, Celso, Plinio y muchos otros. Los primeros  escritos de medicina monacal son la «Farmacopea de Lorsch» (795), y el  «Hortulus»,  obra de Walahfid que describe los placeres y utilidad de las plantas desde Dioscórides.

Mientras en la calle, las curas tradicionales utilizando plantas medicinales y pociones efectuadas por los curanderos, eran vistas como brujería y proscritas por la Iglesia.

A 2500 kilómetros de distancia, en el  Imperio Bizantino o de Constantinopla, a pesar de sufrir innumerables guerras, entre ellas la Romano-Sasánida y la arabo-bizantina, siguió manteniéndose como el reducto cultural de Europa, hasta que en el año 1453, las guerras Otomano-Bizantinas, culminaron con la toma de Constantinopla por los Turcos Otomanos, poniendo fin a su hegemonía y marcando para muchos el comienzo de la edad moderna.

Constantinopla, baluarte de la Cristiandad y heredera del mundo griego y romano, fue uno de los principales núcleos comerciales y culturales del mundo. Influyó de modo determinante en las leyes, la ciencia, los sistemas políticos y las costumbres de gran parte de Europa y de Oriente Medio. Gracias a ella se conservaron y transmitieron muchas de las obras literarias y científicas del mundo clásico y de otras culturas.

A lo largo de diez siglos, los bizantinos, que eran en realidad una pluralidad de pueblos, lograron fusionar la cultura de egipcios, griegos y romanos, los elementos religiosos de cristianos y paganos y las costumbres orientales.

Una de las mayores aportaciones de esta época es sin duda la traducción y compilación del llamado “Corpus Hermeticum”, escrito en griego y base doctrinal de la filosofía hermética, que posteriormente fue  recuperado definitivamente por Cosme de Medici en 1463.

Entre los alquimistas de esta época destaca Calinico, que huyó de Egipto a Constantinopla donde inventó el «fuego griego». Este consistía en una mezcla que contenía una fracción de petróleo como inflamable, nitrato potásico como donador de oxígeno y cal viva como probable aportador de calor al reaccionar posteriormente con agua.

La medicina continuaba dividiéndose en dos grandes grupos: uno de carácter técnico, heredado de la tradición Galénica, basado en la regularización de los humores con técnicas herboristas de acuerdo con a la teoría de los contrarios, y otro más acorde con la tradición hipocrática, en donde se buscaba más la observación de la naturaleza en base a la utilización de la Vis natura medicatrix.

Los hospitales alcanzaron un notable desarrollo, destinándose a los pobres y miserables.

Mientras en Persia, en la frontera con el Imperio Bizantino, el floreciente imperio Sasánida incorporó la transmisión del conocimiento alquímico y filosófico grecorromano traído por los gnósticos expulsados de Occidente, con los escritos médicos del Talmud, enseñanzas del Hermetismo de Egipto y conocimientos “ayurvédicos” provenientes de sus incursiones hacia el oriente a través de la ruta de la seda. A su vez, tradujeron textos indios y chinos sobre hierbas medicinales, religión, astronomía, alquimia, matemáticas y medicina.  

La academia de Gundishapur, fundada en el siglo IV, sustituyo a la biblioteca de Alejandría  y se convirtió en «el mayor centro intelectual del mundo», dando lugar a una floreciente escuela de medicina que contaba con hospital universitario y biblioteca. Además de sistematizar el tratamiento médico y el conocimiento, los eruditos de la academia también transformaron la educación médica; se exigió a los estudiantes de medicina trabajar en el hospital bajo la supervisión de toda la facultad de medicina. Incluso hay evidencia de que los graduados tenían que pasar los exámenes con el fin de ser acreditados como médicos.

Las enseñanzas en la Academia se llevaron a cabo en sirio hasta que, con el imperio sasánida exhausto, dividido y bajo el vacío de poder imperante debido años de guerras  tanto internas como externas, las tropas árabes del califa Omar ibn al-Khattab, en  el año 637, derrotaron al ejercito sasánida, y la mayor parte de su territorio fue absorbido en el califato islámico de los Omeyas.

Con este acto comienza el período de expansión musulmana. En apenas cien años los árabes ocupan Siria, Egipto, Palestina, Persia, la península Ibérica y parte de la India. Durante esa expansión se van incorporando, por mandato del profeta, los elementos culturales más relevantes de cada territorio, pasando en poco tiempo de practicar una medicina primitiva, donde la enfermedad era considerada como un castigo divino y a las que se prescribían fórmulas de higiene y de vida, a dominar la medicina técnica helénica de clara influencia hipocrática, junto con los conocimientos orientales y la alquimia, siendo además el vehículo para su difusión.